L'audition des journalistes d'Egunkaria, inculpés d'avoir créé une « association illégale », et pour certains, d' « appartenir à un groupe terroriste », débute le 18 novembre à Madrid. Un juge de l'Audience nationale avait décidé la fermeture du quotidien le 20 février 2003. « Après deux ans et demi d'instruction, les liens supposés entre certains membres de la rédaction et l'organisation terroriste ETA n'ont jamais été démontrés », a déclaré Reporters sans frontières.
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« Alors que s'ouvrent les auditions des journalistes inculpés dans l'affaire Egunkaria, nous déplorons la fermeture du quotidien en langue basque depuis le 20 février 2003. Après deux ans et demi d'instruction, les liens supposés entre certains membres de la rédaction et l'organisation terroriste ETA n'ont jamais été démontrés. La lutte contre le terrorisme menée par les autorités espagnoles est légitime, mais elle ne doit en aucun cas servir de prétexte pour accuser des journalistes, qui défendent la langue et la culture basques, d'être des membres d'une organisation terroriste. Nous rappelons que les journalistes basques sont le plus souvent victimes de la campagne de terreur de l'ETA menée à l'encontre des médias, ce qui les oblige à travailler avec des escortes, voire à quitter le Pays basque. Nous demandons donc au ministre de la Justice, Juan Fernando López Aguilar, d'accélérer les procédures, afin de faire au plus vite la lumière sur cette affaire et pour que le quotidien Egunkaria soit en mesure de reprendre ses activités », a déclaré Reporters sans frontières.
Le 18 novembre 2005, l'Audience nationale procédera à Madrid aux auditions des journalistes inculpés, le 3 décembre 2004, par le juge Juan Del Olmo, de la sixième cour centrale de première instance. Martxelo Otamendi, Inaki Uria, Joan Mari Torrealdai, Txema Auzmendi, Xabier Alegria, Peio Zubiria, Xabier Oleaga sont accusés d'avoir créé une « association illégale », et pour certains, d' « appartenir à un groupe terroriste ». Les journalistes comparaîtront libres, s'étant acquittés d'une caution. Ils encourent une peine de un à quatorze ans de prison.
La procédure judiciaire à l'encontre d'Egunkaria a été particulièrement longue et controversée. Arrêtés le 20 février 2003, quatre des sept journalistes ont affirmé avoir subi des sévices lors de leur détention préventive, pendant cinq jours, sans pouvoir consulter un avocat.
Le 21 juillet 2003, le juge Juan Del Olmo a décidé de prolonger de six mois « les mesures préventives » prises à l'encontre du groupe Egunkaria, suspecté de contribuer à renforcer les structures de l'organisation terroriste ETA en générant des sociétés-écrans. Depuis, cette interdiction a été reconduite tous les six mois, empêchant le quotidien Egunkaria de poursuivre ses activités.
Tous les journalistes accusés ont rejeté l'ensemble des accusations et ont fait appel, le 29 décembre 2004, auprès de la deuxième chambre de l'Audience nationale. Cette dernière ne s'est toujours pas prononcée.
Le 15 mars 2005, le juge Juan Del Olmo a ordonné le gel des comptes et la liquidation du groupe Egunkaria. Le 18 mars, un comité de soutien à Egunkaria a été créé, regroupant des intellectuels, des artistes et des hommes politiques basques.
« Malgré l'examen de milliers de documents, après avoir entendu plus de vingt personnes et procédé à la perquisition de leur domicile et de leur lieu de travail, après les avoir mises sur écoutes, le juge n'a trouvé aucune preuve permettant d'affirmer qu'il y a un lien entre Egunkaria et l'ETA. Les charges reposent uniquement sur le postulat du juge qui pourrait se résumer à ‘suspicion plus suspicion égale preuves' », a déclaré l'un des avocats d'Egunkaria à Reporters sans frontières.
Le quotidien Egunkaria a été créé en 1990. « C'était un quotidien indépendant et pluraliste, il n'a jamais été un journal idéologique », a déclaré Martxelo Otamendi, ancien rédacteur en chef, à Reporters sans frontières. Le journaliste, accusé de participation à un groupe terroriste, risque entre 8 et 14 ans de prison.
A la suite de la fermeture d'Egunkaria, le 20 février 2003, et à l'issue d'une vaste souscription populaire, un autre quotidien en langue basque a été créé en juin 2003, sous le nom de Berria (20 000 exemplaires), dirigé par Martxelo Otamendi.
Le 20 octobre 2005, plus de soixante députés du parlement espagnol ont demandé au gouvernement que l'affaire Egunkaria soit classée.